序章：冠军之路
究极绿宝石 5.4 二周目剧情流程
击败冠军渡，获得冠军称号。 领取奖赏，包括冠军腰带。 前往卡洛斯联盟总部，与卡露妮对话。
卡洛斯地区
前往卡洛斯各城市，击败道馆馆主，获得徽章。 在摇篮镇击败玛侬，获得妖精徽章。 在齿轮镇击败虎彻，获得格斗徽章。 在石英镇击败科西亚，获得超能力徽章。 在落日镇击败弗拉达利，获得恶属性徽章。 在密阿雷市击败艾岚，获得龙属性徽章。
联盟
前往卡洛斯联盟总部，与卡露妮对话。 挑战四天王和冠军狄安希，获得联盟冠军称号。
伽勒尔地区
前往伽勒尔地区，与丹帝对话。 挑战道馆馆主，获得徽章。 在机擎市击败奇巴纳，获得格斗徽章。 在紫苑镇击败不夜城，获得幽灵徽章。 在金冠市击败莱昂，获得钢属性徽章。 在拳关市击败飞龙，获得龙属性徽章。
联盟
前往伽勒尔联盟总部，与丹帝对话。 挑战四天王和冠军丹帝，获得联盟冠军称号。
终章：究极之战
前往铃铛塔，顶层与极巨化固拉多和盖欧卡战斗。 击败固拉多和盖欧卡，恢复世界平衡。 前往冠军之路，与究极奈克洛兹玛战斗。 击败究极奈克洛兹玛，成为究极宝可梦大师。
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